要运行增值税的抵扣程序，请按照以下步骤操作：
1. 连接电脑控税盘，登录“增值税勾选确定平台”或“增值税网上勾选平台”。
2. 选择“发票抵扣启用”或“发票抵扣”。
3. 筛选出待抵扣的进项税票信息并进行“勾选”，选择“确定”。
4. 选择抵扣统计。
5. 选择“统计查询”，再选择“申请统计”，输入税控盘密码进行确定。
6. 登录“电子税务局的扣缴端”。
7. 选择“发票采集”，进行收集，将以上完成注册的待抵扣发票信息采集至申报系统，完成进项抵税的申报。
请确保遵循最新的税务规定和操作流程，因为税法和相关流程可能会随时间更新。如果有任何疑问，建议咨询专业的税务顾问或直接联系税务机关
