企业选择在崇明注册公司的原因主要归结于以下几点：
地理位置与政策优势：
崇明区作为上海唯一的海岛，享有独特的地理优势。上海市政府为了鼓励崇明的发展，提供了特别的财政扶持政策，包括高额的税收优惠。例如，崇明区注册的企业在增值税和企业所得税等方面都能享受到高额的财政扶持，返税比例远高于上海市其他区域。
高效的行政机构与便捷的服务体系：
崇明区的行政机构在办理企业注册和相关手续方面表现出了极高的效率。与上海市其他区域相比，崇明区注册公司的平均时间要缩短3天左右，这得益于崇明行政机构的高效运作和便捷的服务流程。此外，崇明园区还在市区设立了办事处，几乎所有注册和税务事项都可以交由办事处办理，极大地节省了企业的时间和精力。
宽松的注册政策与灵活的办公场所：
崇明区在注册政策上表现出了极大的灵活性。对于没有实际注册地址的企业，崇明区可以提供虚拟地址，这些地址没有任何费用且没有期限限制，为企业注册提供了极大的便利。
税收优惠力度大：
崇明区为了吸引更多的企业来发展，提供了极大的税收优惠。例如，营业税可扶持40%，企业所得税和增值税也有高额的返税政策，且没有缴税门槛，缴税越多优惠越多。
政府招商与扶持：
崇明区政府大力实施工业经济发展基础设施建设，积极提高对外开放力度，重点开拓自由贸易、中转航运、出口加工、生态农业、海岛旅游五大功能，培育有海岛特色的优势产业，开展招商引资，为崇明新办企业铺就康庄大道。政府还与企业签订扶持协议，提供高额扶持款，这些措施都使得崇明成为企业注册的热选之地。
综上所述，崇明区在地理位置、政策扶持、行政效率、注册便利性以及税收优惠等方面都表现出了明显的优势，这些优势共同促使众多企业选择在崇明注册公司。
