当车辆被扣12分时，车主需要按照以下步骤进行处理：
扣留驾驶证
公安机关交通管理部门会扣留驾驶人的机动车驾驶证。
参加学习
驾驶人需要在规定时间内（通常为十五日）到机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
参加考试
学习结束后，驾驶人需参加道路交通安全法律、法规和相关知识的考试。考试合格后，记分将被清除，并发还机动车驾驶证；考试不合格的，需继续参加学习和考试。
拒不参加学习或考试的处理
如果驾驶人拒不参加学习或考试，公安机关交通管理部门将公告其机动车驾驶证停止使用。
多次扣分处理
若在一个记分周期内有两次以上达到12分，或累积记分达到24分以上，驾驶人除了参加科目一考试外，还必须接受道路驾驶技能考试。道路驾驶技能考试按照驾驶人驾驶证载明的最高准驾车型进行。
缴纳罚款
在扣分的同时，驾驶人还需要缴纳相应的罚款。如果超过15天未处理违章，每超过1天需多交3%的滞纳金。
建议：
驾驶人应尽快处理违章行为，以免产生更多的滞纳金和法律责任。
遵守交通规则，避免再次扣分。
定期检查驾驶证的扣分情况，及时了解自己的驾驶状态。
