商铺租赁备案的主要原因和好处包括：
保护合法权益
通过签订书面租赁合同并进行备案，可以保护出租人和承租人的合法权益。备案后，双方的权利和义务更加明确，减少纠纷的发生。
规范租赁行为
房地产管理部门对租赁行为进行审查，确保租赁行为合法、规范，避免因合同不明确或违法而引发的纠纷。
审查作用
备案过程中，相关部门会审查合同的主体是否合格，即出租人和承租人是否具备相应的条件，同时也会审查租赁的客体是否允许出租，确保出租的房屋符合法律法规的要求。
管理作用
房地产管理部门通过登记备案，将所有的法律资料存档管理，为后续的租赁纠纷调解、税收征缴等提供依据。此外，备案制度还有助于管理部门了解掌握租赁市场的基本行情，为制定和调整相关政策提供数据支持。
维护秩序作用
备案制度有利于规范房屋租赁市场，打击地下黑市场等非法租赁行为，维护市场秩序。同时，强化房屋租赁的规范化管理，可以使房屋租赁当事人的责、权、利得到明确，有效预防利用出租屋进行的违法犯罪活动，有利于社会治安的综合治理和确保社会稳定。
法律效力
备案后的租赁合同具有政府公示的公信力，可以作为对抗第三人的法律依据。在双方发生纠纷时，备案合同是依法裁定的重要依据。
其他好处
对于住宅用房，虽然暂时可以不登记备案，但为了有效保护承租人的权益，建议进行登记备案，避免出租人同时将一房多租的情况发生。
综上所述，商铺租赁备案不仅有助于保护双方的合法权益，还能规范租赁市场，维护社会秩序，具有明确的法律效力。因此，出租人和承租人都应当重视并按照规定办理房屋租赁合同备案手续。
