保种操作的具体步骤如下：
斜面低温保藏法
将菌种接种在相宜的固体斜面培育基上，待菌充分生长后，棉塞部分用油纸包扎好，移至2—8℃的冰箱中保藏。保藏时间依微生物的种类而有不同，霉菌、放线菌及有芽孢的细菌保存2—4个月，移种一次。酵母菌两个月，细菌最好每月移种一次。此法为试验室和工厂菌种室常用的保藏法，优点是操作简洁，运用便利，不需特别设备，能随时检查所保藏的菌株是否死亡、变异与污染杂菌等。缺点是简单变异，因为培育基的物理、化学特性不是严格恒定的，屡次传代会使微生物的代谢变更，而影响微生物的性状；污染杂菌的机会亦较多。
液体石蜡保藏法
将液体石蜡分装于三角烧瓶内，塞上棉塞，并用牛皮纸包扎，1.05kg/cm²，121.3℃灭菌30分钟，然后放在40℃温箱中，使水汽蒸发掉，备用。
将须要保藏的菌种，在最相宜的斜面培育基中培育，使得到健壮的菌体或孢子。
用灭菌吸管吸取灭菌的液体石蜡，注入已长好菌的斜面上，其用量以高出斜面顶端1cm为准，使菌种与空气隔绝。
将试管直立，置低温或室温下保存（有的微生物在室温下比冰箱中保存的时间还要长）。
冷冻干燥保藏法
准备安瓿管，采用中性玻璃制造，形状可用长颈球形底的，亦称泪滴型安瓿管，也可用没有球部的管状安瓿管。塞好棉塞，1.05kg/cm²，121.3℃灭菌30分钟，备用。
准备菌种，用冷冻干燥法保藏的菌种，其保藏期可达数年至十数年，为了在许多年后不出差错，故所用菌种要特别注意其纯度，即不能有杂菌污染，然后在最适培养基中用最适温度培养，使培养出良好的培养物。细菌和酵母的菌龄要求超过对数生长期，若用对数生长期的菌种进行保藏，其存活率反而降低。一般，细菌要求24—48小时的培养物；酵母需培养3天；形成孢子的微生物则宜保存孢子；放线菌与丝状真菌则培养7-10天。
制备菌悬液与分装，以细菌斜面为例，用脱脂牛乳2ml左右加入斜面试管中，制成浓菌液，每支安瓿管分装0.2ml。
将分装好的安瓿管放低温冰箱中冷冻，无低温冰箱可用冷冻剂如干冰（固体CO2）酒精液或干冰丙酮液，温度可达-70℃。将安瓿管插入冷冻剂，只需冷冻4-5分钟，即可使悬液结冰。
真空干燥，为在真空干燥时使样品保持冻结状态，需准备冷冻槽，槽内放碎冰块与食盐，混合均匀，可冷至-15℃。装置仪器，安瓿管放入冷冻槽中的干燥瓶内。抽气一般若在30分钟内能达到93.3Pa（0.1mmHg），即可达到真空干燥的目的。
这些方法各有优缺点，选择哪种方法取决于具体的菌种类型、保藏要求和条件。建议根据菌种的特性和实际需求，选择最合适的保藏方法。
