申请法院调查令的流程如下：当事人及其诉讼代理人需要收集证据，并提交书面申请。书面申请书应当载明被调查人的姓名或者单位名称、住所地等基本情况、所要调查收集的证据内容、需要由人民法院调查收集证据的原因以及其他要证明的事项。当事人及其诉讼代理人申